Per farlo bastano poche righe di codice, qui di seguito propongo una semplice funzione per farlo nel modo migliore:

<script type="text/javascript">

function KpPopup(url,title,width,height) {
  var w = width; var h = height;
  var l = Math.floor((screen.width-w)/2);
  var t = Math.floor((screen.height-h)/2);
  window.open(url, 'nuovaFinestra', 'width=' + w + ', height=' + h + ', 
  top=' + t + ',left=' + l + ',scrollbars=yes,status=yes,menubar=yes,toolbar=no')
 }

</script>

La funzione dispone di 5 parametri:

url: indica l'indirizzo del popup che si vuole aprire

title: Il titolo della popup

width: Serve per impostare la larghezza del popup

height: Imposta l'altezza del popup

Per utilizzarla basta assegnare la funzione ad esempio ad un evento del mouse:

<a href="#" onclick="KpPopup('indirizzo_del_popup','Titolo del popup','larghezza','altezza'); return false">Clicca qui</a>

Così facendo cliccando sul link si aprirà il popup.